ใช้ Antimycin A2 ในการวิจัยทางชีวเคมีและชีววิทยาเซลล์เป็นหลัก เพื่อยับยั้งการขนส่งอิเล็กตรอนในไมโทคอนเดรีย โดยยับยั้ง complex III (ไซโตโครม bc1) ในห่วงโซ่การหายใจไมโทคอนเดรีย ทำให้การผลิตพลังงานในรูปของ ATP ลดลง และมีคุณค่าในการศึกษาการหายใจของเซลล์ การผลิต reactive oxygen species (ROS) และ apoptosis. นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษากลไกทางเมแทบอลิซึมและการทำงานของไมโทคอนเดรียในเซลล์หรือเนื้อเยื่อที่แยกออกมา

นอกจากนี้ Antimycin A2 ยังถูกใช้เป็นสารกำจัดปลาในงานจัดการทรัพยากรน้ำ โดยเฉพาะการควบคุมปลาที่ไม่ต้องการในระบบนิเวศน้ำจืด อย่างไรก็ตาม การใช้ต้องระมัดระวังเนื่องจากมีพิษสูงต่อสิ่งมีชีวิตในน้ำทุกชนิด และอาจส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมหากใช้ไม่เหมาะสม