Antimycin A1 ใช้เป็นหลักในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อยับยั้งห่วงโซ่การถ่ายทอดอิเล็กตรอนในไมโทคอนเดรีย โดยเฉพาะอย่างยิ่งยับยั้งคอมเพล็กซ์ III ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการศึกษากระบวนการหายใจของเซลล์และการผลิตพลังงาน การยับยั้งนี้ทำให้การสังเคราะห์ ATP ถูกรบกวน ช่วยให้นักวิจัยสามารถสำรวจผลกระทบของการลดลงของพลังงานที่มีต่อกระบวนการเซลล์ นอกจากนี้ Antimycin A1 ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับความเครียดออกซิเดชันและอะพอพโทซิส เนื่องจากการออกฤทธิ์ของมันสามารถเหนี่ยวนำการผลิต reactive oxygen species (ROS) ในด้านการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ มันถูกใช้เพื่อกำจัดประชากรปลาที่ไม่ต้องการโดยการรบกวนการทำงานทางเดินหายใจ บทบาทในการวิจัยยังขยายไปถึงการทำความเข้าใจความผิดปกติของไมโทคอนเดรียในโรคต่างๆ และการสำรวจเป้าหมายการรักษาที่เป็นไปได้