Tris-MES-SDS running buffer ถูกใช้อย่างแพร่หลายในเทคนิค polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) สำหรับการแยกโปรตีนตามน้ำหนักโมเลกุล โดยมีประสิทธิภาพสูงเป็นพิเศษใน SDS-PAGE ซึ่งโปรตีนจะถูกทำให้เกิดการ denature และเคลือบด้วย SDS เพื่อให้โปรตีนเคลื่อนที่ผ่านเจลตามขนาดโมเลกุล ระบบบัฟเฟอร์นี้เหมาะสมสำหรับการแยกโปรตีนขนาดเล็กถึงขนาดกลาง โดยทั่วไปในช่วง 1 ถึง 100 kDa ด้วยความละเอียดสูงและแบนด์ที่คมชัด มักใช้ในห้องปฏิบัติการชีววิทยาโมเลกุลและชีวเคมีสำหรับการวิเคราะห์โปรตีน การควบคุมคุณภาพ และการประยุกต์ใช้ในการวิจัย ความเข้ากันได้ของบัฟเฟอร์กับเทคนิคต่อเนื่อง เช่น Western blotting ทำให้เป็นตัวเลือกที่หลากหลายสำหรับการจำลองลักษณะและการตรวจจับโปรตีน