ไอโอโดอะซิแทไมด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการทางชีวเคมีและอณูชีววิทยา เพื่อยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ที่มีกลุ่มซัลฟ์ไฮดริล (-SH) โดยเฉพาะในขั้นตอนการเตรียมตัวอย่างสำหรับการวิเคราะห์โปรตีน เช่น ในเทคนิคสองมิติอิเล็กโตรโฟรีซิส (2D-PAGE) เพื่อป้องกันการเกิดปฏิกิริยาออกซิเดชันของกลุ่มซัลฟ์ไฮดริลที่อาจส่งผลต่อผลลัพธ์ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และโปรตีน โดยการปิดกั้นกลุ่มซัลฟ์ไฮดริลที่สำคัญต่อการทำงานของเอนไซม์ ไอโอโดอะซิแทไมด์ยังพบการใช้งานในด้านการวิจัยทางเภสัชวิทยาและพิษวิทยา เพื่อศึกษาผลกระทบของสารเคมีต่อระบบชีวภาพในระดับโมเลกุล