ใช้เป็นสาร derivatizing ในเคมีวิเคราะห์เพื่อเพิ่มการตรวจจับและการวัดปริมาณสารประกอบต่างๆ โดยเฉพาะในก๊าซโครมาโทกราฟีและสเปกโตรเมตรีมวลสาร มันทำปฏิกิริยากับสารวิเคราะห์เป้าหมายเพื่อสร้างอนุพันธ์ที่เสถียรและระเหยได้ดี ซึ่งช่วยเพิ่มความไวและความเลือกสรร ใช้กันทั่วไปในการวิเคราะห์สิ่งแวดล้อมเพื่อตรวจหาสารมลพิษในระดับร่องรอย เช่น ฟีนอล กรดคาร์บอกซิลิก และอะมีน ในตัวอย่างน้ำ ดิน และอากาศ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเภสัชภัณฑ์สำหรับการวิเคราะห์เมแทบอลิซึมของยา และในพิษวิทยากฎหมายเพื่อระบุและวัดสารในตัวอย่างชีวภาพ กลุ่ม pentafluorobenzyl ให้คุณสมบัติการดักจับอิเล็กตรอนที่ยอดเยี่ยม ทำให้เหมาะสำหรับวิธีการตรวจจับด้วยการดักจับอิเล็กตรอน

นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบฟลูออรีนต่างๆ ในอุตสาหกรรมเคมี โดยเฉพาะในการผลิตสารเคมีทางการเกษตรและยา เนื่องจากกลุ่ม pentafluorobenzyl ช่วยเพิ่มความเสถียรและประสิทธิภาพของผลิตภัณฑ์สุดท้าย