กวานิดีน ไฮโดรคลอไรด์ใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการทำให้โปรตีนเสียสภาพ (denaturation) โดยช่วยสลายโครงสร้างรองและโครงสร้างตติยภูมิของโปรตีน ทำให้มีประโยชน์ในการศึกษาการพับและการคลายตัวของโปรตีน ในชีวเคมี ทำหน้าที่เป็นสารโคโทรอปิก (chaotropic agent) ช่วยในการละลายโปรตีนและกรดนิวคลีอิก โดยเฉพาะในกระบวนการสกัดและการทำให้บริสุทธิ์ ยังใช้ในการเตรียม RNA และ DNA โดยช่วยแยกโมเลกุลเหล่านี้ด้วยการรบกวนเยื่อหุ้มเซลล์และยับยั้งนิวคลีเอส นอกจากนี้ ยังใช้ในการรักษาโรคบางชนิด เช่น โรคไมแอสทีเนีย กราวิส โดยเพิ่มการส่งสัญญาณทางระบบประสาทกล้ามเนื้อ ในอุตสาหกรรม ใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงยาและสีย้อม เนื่องจากคุณสมบัติเป็นเบสที่แรง