CY5-YNE ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในงานชีวภาพและการเชื่อมต่อทางชีววิทยา เนื่องจากคุณสมบัติการเรืองแสงที่โดดเด่น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน กรดนิวคลีอิก และแอนติบอดี เพื่อการแสดงผลในกล้องจุลทรรศน์เรืองแสงและการวิเคราะห์ด้วยเครื่องไหลเวียนเซลล์ กลุ่มอัลไคน์ของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีคลิกที่มีประสิทธิภาพ ส่งผลให้การเชื่อมต่อที่แม่นยำและเสถียรกับโมเลกุลที่ดัดแปลงด้วยอะซายด์ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการศึกษากระบวนการในเซลล์ ปฏิสัมพันธ์โมเลกุล และการทดสอบวินิจฉัย นอกจากนี้ การเรืองแสงใกล้แสงอินฟราเรดยังมีประโยชน์สำหรับการถ่ายภาพเนื้อเยื่อลึกในสัตว์ทดลองที่มีชีวิต ลดการรบกวนจากพื้นหลัง