ซินโคนีนโมโนไฮโดรคลอไรด์ไฮเดรต ใช้หลักในการเคมีอินทรีย์เป็นสารช่วยแยกเอ็นแอนติโอเมอร์จากส่วนผสมเรซิเมต เพื่อสังเคราะห์สารที่มีกิจกรรมทางแสง มันมีบทบาทสำคัญในภาวะเร่งปฏิกิริยาอะซิมเมトリกสำหรับผลิตสารบริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์ซึ่งจำเป็นในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม นอกจากนี้ ยังใช้ในยาต้านมาลาเรียเนื่องจากยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อ Plasmodium และใช้ในงานวิจัยเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกของสารต้านมาลาเรีย ในห้องปฏิบัติการ ช่วยในการศึกษาสเตอรีโอเคมี กลไกปฏิกิริยา และการสังเคราะห์สารเคมีเภสัชกรรมที่สำคัญ