ซิลิกาเจลสำหรับโครมาโตกราฟีแบบคอลัมน์และชั้นบางใช้กันอย่างแพร่หลายในการแยกและทำให้บริสุทธิ์ส่วนผสมที่ซับซ้อนทั้งในเคมีวิเคราะห์และเคมีเตรียมการ โดยทำหน้าที่เป็นเฟสสถานีในโครมาโตกราฟีแบบคอลัมน์ ซึ่งช่วยแยกสารประกอบตามขั้วไฟฟ้า ขนาด และปฏิกิริยากับพื้นผิวซิลิกา วัสดุนี้มีประสิทธิภาพสูงในการทำให้บริสุทธิ์สารประกอบอินทรีย์ ผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ และเภสัชภัณฑ์ เนื่องจากให้ความละเอียดและประสิทธิภาพสูง ในโครมาโตกราฟีแบบชั้นบาง (TLC) จะถูกใช้เป็นชั้นเคลือบบนแผ่นเพื่อวิเคราะห์และระบุส่วนประกอบในส่วนผสมอย่างรวดเร็ว ความหลากหลายและความเสถียรทำให้เป็นตัวเลือกที่นิยมสำหรับการแยกละเอียดโมเลกุลเป้าหมาย การกำจัดสิ่งเจือปน และการวิเคราะห์องค์ประกอบทางเคมีในห้องปฏิบัติการวิจัยและอุตสาหกรรม นอกจากนี้ ยังใช้ในการทำให้บริสุทธิ์โปรตีน เพปไทด์ และชีวโมเลกุลอื่นๆ ในงานประยุกต์ทางชีวเคมี