อะมิคาซินถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นยาปฏิชีวนะในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียที่รุนแรง โดยเฉพาะที่เกิดจากแบคทีเรียแกรมลบ มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อ เช่น โรคปอดอักเสบ, ภาวะติดเชื้อในกระแสเลือด, และการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ ช่องท้อง และระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากมีกิจกรรมแบบ broad-spectrum จึงมักใช้เมื่อยาปฏิชีวนะอื่นล้มเหลวหรือเมื่อแบคทีเรียดื้อยาอื่น มักให้ทางหลอดเลือดดำหรือกล้ามเนื้อในสถานพยาบาล โดยเฉพาะในผู้ป่วยวิกฤต นอกจากนี้ ยังใช้ร่วมกับยาปฏิชีวนะอื่นเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงต่อการดื้อยา อะมิคาซินยังใช้ในการจัดการวัณโรคที่เกิดจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ที่ดื้อยาหลายชนิด การใช้ต้องเฝ้าระวังอย่างใกล้ชิดเนื่องจากผลข้างเคียงที่อาจเกิด เช่น พิษต่อไตและสูญเสียการได้ยิน