Mupirocin ใช้เป็นยาปฏิชีวนะสำหรับรักษาการติดเชื้อที่ผิวหนังที่เกิดจากแบคทีเรีย เช่น Staphylococcus aureus และ Streptococcus pyogenes มักใช้ในการรักษาโรคผิวหนังอักเสบติดเชื้อ แผลติดเชื้อ และภาวะผิวหนังอักเสบจากแบคทีเรีย นอกจากนี้ยังใช้เพื่อป้องกันการติดเชื้อในบาดแผลหลังการผ่าตัดหรือการบาดเจ็บ มักใช้ในรูปแบบครีมหรือขี้ผึ้งที่ทาบริเวณที่ติดเชื้อโดยตรง เพื่อลดการแพร่กระจายของเชื้อแบคทีเรียและช่วยให้ผิวหนังหายเร็วขึ้น