Mupirocin ใช้เป็นยาปฏิชีวนะเฉพาะที่สำหรับการรักษาโรคติดเชื้อที่ผิวหนังที่เกิดจากแบคทีเรีย เช่น impetigo, การติดเชื้อในรูขุมขน (folliculitis) และแผลติดเชื้อ โดยมีประสิทธิภาพสูงต่อ Staphylococcus aureus และ Streptococcus pyogenes รูปแบบครีมหรือยาทาใช้ทาบริเวณที่ได้รับผลกระทบเพื่อกำจัดแบคทีเรียและส่งเสริมการหายของแผล ในรูปแบบสำหรับใช้ในจมูก ใช้เพื่อกำจัด colonization ของ methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) ในโพรงจมูก ลดความเสี่ยงการแพร่กระจายของการติดเชื้อในสถานพยาบาล การดูดซึมเข้าสู่ระบบร่างกายน้อยทำให้ปลอดภัยสำหรับการรักษาการติดเชื้อเฉพาะที่ อย่างไรก็ตาม ควรใช้ตามคำแนะนำของแพทย์เพื่อหลีกเลี่ยงการดื้อยา