สารคาร์เบนดาซิมเป็นสารฆ่าเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมโรคเชื้อราที่เกิดกับพืช เช่น โรคเน่า, โรคเหี่ยว และโรคใบจุดต่างๆ ซึ่งมีสาเหตุจากเชื้อราในกลุ่มแอสโคไมเซตและบาซิเดียวไมเซต นิยมใช้พ่นหรือราดลงบนพืช เช่น ข้าว ยางพารา มันสำปะหลัง ไม้ผล และพืชผัก เพื่อป้องกันและรักษาระบาดของเชื้อราในระยะเริ่มต้น นอกจากนี้ยังมีการใช้ในกระบวนการรักษาเมล็ดพันธุ์ก่อนเพาะปลูก เพื่อป้องกันการติดเชื้อราในระยะงอก ในบางกรณี คาร์เบนดาซิมยังถูกใช้ในอุตสาหกรรมไม้และกระดาษเพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของราที่อาจทำให้เกิดคราบหรือกลิ่นไม่พึงประสงค์ อย่างไรก็ตาม การใช้สารนี้ต้องระมัดระวังเรื่องปริมาณและการปฏิบัติตามกำหนดเวลาถอนพิษ เนื่องจากอาจมีการตกค้างในผลผลิตและส่งผลต่อสุขภาพได้