สารคาร์เบนดาซิมเป็นสารฆ่าเชื้อราที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในภาคการเกษตร โดยเฉพาะในการควบคุมเชื้อราที่ทำให้เกิดโรคต่าง ๆ แก่พืช เช่น โรคเน่า โรคเหี่ยว และโรคใบจุด ซึ่งมักพบในพืชผัก ไม้ผล และพืชไร่ สารนี้มีประสิทธิภาพในการป้องกันและรักษากลุ่มเชื้อราที่อยู่ในกลุ่มไฟทูเรีย (Fusarium) ราสนิม (Botrytis) และราดำ (Alternaria) นิยมใช้โดยการพ่นสารละลายลงบนใบ พื้นดิน หรือใช้เคลือบเมล็ดพันธุ์ก่อนการเพาะปลูก เพื่อป้องกันการติดเชื้อในระยะเริ่มต้น นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการหลังการเก็บเกี่ยว โดยเฉพาะในผลไม้ เช่น มะม่วง ส้ม หรือกล้วย เพื่อยืดอายุการเก็บรักษาและป้องกันการเน่าจากเชื้อรา ในบางกรณี คาร์เบนดาซิมยังใช้ในอุตสาหกรรมไม้และกระดาษเพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของรา แต่การใช้ต้องระมัดระวังเนื่องจากอาจสะสมในสิ่งแวดล้อมและมีผลกระทบต่อสิ่งมีชีวิตอื่น หากใช้ไม่ถูกวิธี