2-Aminopurine ใช้เป็นสารติดตามในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของดีเอ็นเอและอาร์เอ็นเอ เนื่องจากมันสามารถแทนที่เบสไซโคลพิวรีนได้ ทำให้มีคุณสมบัติเรืองแสงซึ่งเปลี่ยนแปลงได้เมื่อเกิดการจับคู่เบสหรือเกิดการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของกรดนิวคลีอิก จึงเหมาะสำหรับใช้ตรวจสอบการจับคู่เบส การเกิดดูเพิลเฮลิกซ์ หรือการทำงานของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับกรดนิวคลีอิก

นอกจากนี้ 2-Aminopurine ยังใช้ในงานศึกษาการกลายพันธุ์ของดีเอ็นเอ เนื่องจากมันสามารถทำให้เกิดข้อผิดพลาดในการจำลองดีเอ็นเอได้ ซึ่งช่วยให้นักวิจัยเข้าใจกลไกของการกลายพันธุ์และการซ่อมแซมดีเอ็นเอได้ดีขึ้น

ในบางกรณี ยังมีการศึกษาศักยภาพของสารนี้ในด้านการพัฒนายาต้านไวรัสหรือสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ แต่ยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัย