บลูเดกซ์แทรนถูกใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยทางชีวเคมีและชีวฟิสิกส์ในฐานะสารบ่งชี้หรือ tracer เนื่องจากมีน้ำหนักโมเลกุลสูงและสีน้ำเงินที่โดดเด่น มักใช้ในโครมาโตกราฟีแบบเจลฟิลเทรชันเพื่อกำหนดปริมาตรช่องว่างของคอลัมน์ (void volume) ซึ่งช่วยในการปรับเทียบและประเมินประสิทธิภาพของกระบวนการแยก นอกจากนี้ ยังเป็นเครื่องมือที่มีประโยชน์ในการศึกษาการซึมผ่านของเมมเบรนและขนาดรูพรุน เนื่องจากขนาดใหญ่ช่วยให้ผู้วิจัยประเมินขีดจำกัดการแยกของเมมเบรนต่างๆ ในงานทำให้บริสุทธิ์โปรตีน บลูเดกซ์แทรนช่วยในการตรวจสอบโปรไฟล์การหลุดออก (elution profile) และยืนยันการบรรจุคอลัมน์ที่เหมาะสม การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงห้องปฏิบัติการการศึกษา ที่ใช้สาธิตหลักการของโครมาโตกราฟีและเทคนิคการแยกโมเลกุล