พิวโดยูริดีนถูกใช้เป็นส่วนประกอบสำคัญในเทคโนโลยีวัคซีน mRNA ซึ่งช่วยเพิ่มเสถียรภาพของโมเลกุล RNA และลดการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันที่ไม่จำเป็น ทำให้ร่างกายสามารถผลิตโปรตีนเป้าหมายได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยเฉพาะในวัคซีนป้องกันโรคติดเชื้อ เช่น โควิด-19 นอกจากนี้ยังช่วยเพิ่มอัตราการแปลรหัสพันธุกรรม (translation efficiency) ส่งผลให้ได้ปริมาณโปรตีนที่ต้องการสูงขึ้น ซึ่งเป็นปัจจัยสำคัญต่อความสำเร็จของบำบัดด้วยยีนและวัคซีนชนิดใหม่