กลูตารัลดีไฮด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในด้านการฆ่าเชื้อ เนื่องจากมีฤทธิ์ในการทำลายจุลชีพได้ดีทั้งแบคทีเรีย ไวรัส และสปอร์ จึงนิยมใช้ในสถานพยาบาลเพื่อฆ่าเชื้ออุปกรณ์ทางการแพทย์ที่ไม่สามารถผ่านความร้อนได้ เช่น กล้องส่องต่างๆ ในอุตสาหกรรมน้ำมันและก๊าซ กลูตารัลดีไฮด์ใช้เป็นสารฆ่าเชื้อในน้ำที่ใช้ในกระบวนการผลิต เพื่อป้องกันการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดปัญหาการกัดกร่อนท่อและลดประสิทธิภาพการผลิต นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมหนังเพื่อการฟอกหนัง เนื่องจากสามารถทำให้โปรตีนในหนังเกิดการประสานข้าม (cross-linking) ทำให้หนังมีความทนทานและคงรูปได้ดี ในห้องปฏิบัติการ กลูตารัลดีไฮด์ใช้ในการตรึงตัวอย่างชีวภาพสำหรับการส่องกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอน เพราะช่วยรักษาโครงสร้างของเซลล์ให้คงรูปได้ดี อย่างไรก็ตาม กลูตารัลดีไฮด์มีพิษและอาจก่อให้เกิดการระคายเคืองต่อผิวหนัง ตา และระบบทางเดินหายใจ จึงต้องใช้ด้วยความระมัดระวังและมีการควบคุมการสัมผัสอย่างเข้มงวด