CAPS Buffer ใช้ในหลากหลายการทดลองทางชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการแยกและวิเคราะห์โปรตีน เนื่องจากมีความเสถียรใน pH ที่สูง (ประมาณ 10-11) จึงเหมาะสำหรับการใช้งานในกระบวนการอิเล็กโตรโฟรีซิส เช่น SDS-PAGE ซึ่งช่วยให้สามารถแยกโปรตีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ CAPS Buffer ยังใช้ในการทดสอบทางชีววิทยาอื่น ๆ ที่ต้องการสภาพแวดล้อม pH ที่เป็นด่าง เช่น การศึกษาการทำงานของเอนไซม์บางชนิด หรือการปรับสภาพตัวอย่างก่อนการวิเคราะห์ด้วยเครื่องมือต่าง ๆ เช่น mass spectrometry อีกทั้งยังเป็นตัวเลือกที่ดีสำหรับการทดลองที่ต้องการลดการปนเปื้อนจากคาร์บอเนตอีกด้วย