กรดบอโรนิก 2-คาร์บอกซี-4-ฟลูออโรฟีนิล ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ปฏิกิริยานี้มีความสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าต่อการผลิตยา สารเคมีทางการเกษตร และวัสดุขั้นสูง กลุ่มบอโรนิกแอซิดของสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญ (key intermediate) ช่วยให้สามารถคัปปลิงระหว่างอะริลฮาไลด์กับอะริลบอโรนิกแอซิดเพื่อสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนได้ โครงสร้างฟลูออโรฟีนิลช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาของผลิตภัณฑ์ที่ได้ ทำให้มีประโยชน์ในการค้นคว้าและพัฒนายา นอกจากนี้ กลุ่มคาร์บอกซิลิกแอซิดยังช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมได้ ขยายการประยุกต์ใช้ในการออกแบบสารประกอบชีวภาพ (bioactive compounds) หรือโพลิเมอร์ สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และโพรบ โดยเฉพาะในการตรวจจับซาคคาไรด์หรือโมเลกุลที่เกี่ยวข้องทางชีวภาพอื่นๆ เนื่องจากความสามารถในการก่อตัวพันธะโคเวเลนต์แบบย้อนกลับกับไดออล