โพแทสเซียมไตรฟลูออโร(2-เมทิลเบนซิล)โบเรต ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา cross-coupling แบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งทำหน้าที่เป็นแหล่งของหมู่ 2-เมทิลเบนซิล ช่วยให้สามารถนำหมู่นี้เข้าไปในโครงสร้างของยา สารเกษตร และวัสดุขั้นสูงได้อย่างมีประสิทธิภาพ ความคงตัวต่ออากาศและน้ำทำให้เหมาะสำหรับปฏิกิริยาภายใต้สภาวะอ่อนโยน เพิ่มความเลือกและผลผลิตในการสังเคราะห์สารประกอบที่ซับซ้อน นิยมใช้ในเคมียารักษาเพื่อพัฒนายาตัวใหม่ที่มีคุณสมบัติทางเมแทบอลิซึมดีขึ้น