BODIPY-Cholesterol (BCh2) ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวภาพในฐานะโปรบเรืองแสงเพื่อศึกษาการเคลื่อนไหวของคอเลสเตอรอลในเซลล์ การประยุกต์ใช้รวมถึงการการสร้างภาพและติดตามการกระจายตัวและการเคลื่อนที่ของคอเลสเตอรอลภายในเยื่อหุ้มเซลล์ ให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับ lipid rafts และการจัดระเบียบของเยื่อหุ้มเซลล์ BCh2 มีคุณค่าอย่างยิ่งในการถ่ายภาพเซลล์สดเนื่องจากมี fluorescence สว่างและความคงทนต่อแสง (photostability) ทำให้สามารถสังเกตกระบวนการที่เกี่ยวข้องกับคอเลสเตอรอลแบบเรียลไทม์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาการขนส่งคอเลสเตอรอล การดูดซึม และการขับออก ช่วยให้เข้าใจโรคที่เชื่อมโยงกับการควบคุมคอเลสเตอรอลที่ผิดปกติ เช่น โรคหลอดเลือดแข็งตัว (atherosclerosis) และโรคทางระบบประสาทเสื่อม (neurodegenerative disorders) นอกจากนี้ BCh2 ยังทำหน้าที่เป็นเครื่องมือในการค้นพบยาเพื่อคัดกรองสารประกอบที่ปรับการเมแทบอลิซึมหรือการขนส่งคอเลสเตอรอล