ใช้เป็นสารเคมีอิเล็กโทรฟิลิกที่มีปฏิกิริยาสูงในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งแบบโคเวเลนต์สำหรับเป้าหมายทางชีวภาพ หมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรกับหมู่ข้างของกรดอะมิโนนิวคลีโอไฟล์ เช่น เซรีน ทรีโอนีน และไลซีน ในเอนไซม์ ทำให้มีคุณค่าต่อในชีวเคมีสำหรับการโปรไฟล์โปรตีนแบบมีกิจกรรม (ABPP) หมู่บรอมโมเมทิลช่วยให้สามารถฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมผ่านการแทนที่นิวคลีโอไฟล์ ซึ่งช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับแท็ก โพรบ หรือพื้นผิวแข็งได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีซัลโฟนิลฟลูออไรด์สำหรับใช้ในเคมียาและการวิจัยเกษตรเคมี เนื่องจากความเสถียรและปฏิกิริยาที่ไม่เหมือนใคร