Boc-beta-alanine ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มป้องกันสำหรับกรดอะมิโนเบต้า-อะลานีน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยปกป้องส่วนประกอบของอะมีนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์และให้แน่ใจถึงลำดับที่ถูกต้องของกรดอะมิโนในโซ่เปปไทด์ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนทีละขั้นตอนเพื่อสร้างเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน หลังจากกระบวนการสังเคราะห์เสร็จสิ้น กลุ่ม Boc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ เผยให้เห็นอะมีนอิสระสำหรับปฏิกิริยาต่อไป นอกจากนี้ Boc-beta-alanine ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโมเลกุลชีวภาพต่างๆ และสารกลางทางเภสัชกรรม ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนายาและสารรักษา ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดกลุ่มป้องกันทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในการวิจัยเคมีอินทรีย์และเคมียารักษา