ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างเปปไทด์หรือเพปไทด์มิมิติก โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาที่มีเป้าหมายเกี่ยวกับเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างที่มีนิวคลีโอสของนาฟทาลีนช่วยเพิ่มความสามารถในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ และหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับใช้ในสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียวหรือในระบบสังเคราะห์อัตโนมัติ