เมทิลเพนตาฟลูออโรเบนโซเอท ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสาร derivatization ในเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในโครมาโทกราฟีก๊าซและสเปกโตรเมตรีมวลสาร ซึ่งช่วยเพิ่มการตรวจจับและการกำหนดปริมาณของสารประกอบต่างๆ โดยการแปลงให้เป็นอนุพันธ์ที่ระเหยง่ายและเสถียรกว่า สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ โครงสร้างฟลูออรีนของมันยังมีคุณค่าในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับพัฒนาโพลิเมอร์พิเศษและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะตัว เช่น ความเสถียรทางความร้อนสูงและความต้านทานต่อสารเคมี ในงานวิจัย มันถูกใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับเคมีฟลูออรีนและการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนใหม่