Azide-PEG2-Ms ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการเชื่อมโยงทางชีวภาพ (bioconjugation) และชีววิทยาเคมี (chemical biology) เพื่อติดโมเลกุลที่ถูกปรับแต่งด้วยกลุ่ม azide เข้ากับพื้นผิวหรือสารตั้งต้น (substrates) ต่างๆ Spacer PEG ของมันช่วยเพิ่มความละลายในน้ำ (solubility) และลดการขัดขวางเชิงปริมาตร (steric hindrance) ทำให้เหมาะสมสำหรับปฏิกิริยาเคมีคลิก (click chemistry) โดยเฉพาะอย่างยิ่งการ cycloaddition ระหว่าง azide-alkyne ที่มีตัวเร่งปฏิกิริยาทองแดง (CuAAC) สารประกอบนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์ระบบส่งยา (drug delivery systems) ชีวโมเลกุลเชื่อมโยง (bioconjugates) และชีวโมเลกุลที่ติดฉลาก (labeled biomolecules) สำหรับการถ่ายภาพ (imaging) และการวินิจฉัย (diagnostics) นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการปรับแต่งพื้นผิว (surface modification) และการปรับใช้ (functionalization) ของอนุภาคนาโน (nanoparticles) โพลิเมอร์ (polymers) และวัสดุชีวภาพ (biomaterials) เพื่อนำกลุ่ม azide เข้ามาสำหรับการปรับแต่งทางเคมีเพิ่มเติม นอกจากนี้ยังมีบทบาทในโปรตีโอมิกส์ (proteomics) และไกลโคไบโอโลจี (glycobiology) สำหรับการติดแท็ก (tagging) และการศึกษาโมเลกุลชีวภาพที่ซับซ้อน