Concanamycin B ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเนื่องจากมีฤทธิ์ยับยั้ง V-ATPase ได้อย่างแรง ซึ่งเป็นเอนไซม์สำคัญในการทำให้ช่องว่างภายในเซลล์เป็นกรด คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการศึกษากระบวนการเซลล์ เช่น autophagy การทำงานของไลโซโซม และการขนส่งภายในเซลล์ นักวิจัยมักใช้ในการวิเคราะห์บทบาทของการควบคุม pH ในเส้นทางชีวภาพต่างๆ รวมถึงการรอดชีวิตของเซลล์มะเร็งและการปรับเปลี่ยนการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน นอกจากนี้ ยังใช้ในการตรวจสอบกลไกของการดื้อยาในยาปฏิชีวนะและการทำงานของระบบ vacuolar ในเชื้อราและพืช ความสามารถในการรบกวนกิจกรรม V-ATPase อย่างเลือกสรรช่วยให้เข้าใจการพัฒนาการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายสำหรับโรคที่เอนไซม์นี้มีบทบาทสำคัญ