โอไลโกมัยซิน ซี ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาการทำงานของไมโทคอนเดรียและการสังเคราะห์ ATP โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งที่แรงของไมโทคอนเดรีย F1F0-ATP synthase ซึ่งยับยั้งการผลิต ATP อย่างมีประสิทธิภาพ คุณสมบัตินี้ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการตรวจสอบเมแทบอลิซึมพลังงานของเซลล์ การ phosphorylate ออกซิเดชัน และบทบาทของไมโทคอนเดรียในกระบวนการทางสรีรวิทยาและพยาธิสรีรวิทยาต่างๆ นักวิจัยมักใช้โอไลโกมัยซิน ซี เพื่อเหนี่ยวนำความผิดปกติของไมโทคอนเดรียในโมเดลทดลอง เพื่อช่วยให้เข้าใจโรคที่เกี่ยวข้องกับเมแทบอลิซึมพลังงาน เช่น โรคเสื่อมถอยของระบบประสาทและมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษากลไกของ apoptosis และการตอบสนองต่อความเครียดของเซลล์ ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับวิธีที่เซลล์จัดการกับวิกฤตพลังงาน