ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการวงแหวนอะโรมาติกที่ถูกโบรมีนแทนที่สำหรับกระบวนการคัปปลิ้ง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck หมู่ไดฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิกในโมเลกุลชีวภาพที่ออกฤทธิ์ ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาใหม่ ใช้บ่อยในเคมียารักษาเพื่อศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากลักษณะดึงอิเล็กตรอนของตัวแทนที่ไดฟลูออโรเมทอกซี นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์ฟลูออรีนของผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติและสารประกอบชีวภาพที่ออกฤทธิ์