เมซิทิลไอโอไดด์ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในปฏิกิริยาเคมีอินทรีย์หลายประเภท โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน มันมักถูกนำมาใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนผ่านปฏิกิริยาคูปลิง (coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura หรือปฏิกิริยา Heck นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบอาร์ิลไอโอไดด์อื่นๆ ที่มีประโยชน์ในด้านการวิจัยและพัฒนายา สารเคมีนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์วัสดุที่มีความเฉพาะทาง เช่น พอลิเมอร์หรือวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากสามารถเป็นตัวกลางในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างโมเลกุลได้อย่างแม่นยำ