ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาต้านเชื้อรา เช่น ฟลูโคนาโซล และอนุพันธ์ไตรอาซอลที่เกี่ยวข้อง หมู่ไตรฟลูออร์เมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการละลายในไขมัน ทำให้ยาซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ทางชีวภาพได้ดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรในการพัฒนายาฆ่าเชื้อราและยาฆ่าแมลง เนื่องจากคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนของหมู่ไตรฟลูออร์เมทิล ซึ่งเพิ่ม bioavailability และความเสถียรในสิ่งแวดล้อม นอกจากนี้ยังเป็นตัวสร้างหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างอนุพันธ์ที่มีฟลูออรีนในงานวิจัยเคมียารักษาโรค