6-เมทิลเพอรีน ถูกใช้หลักๆ ในงานวิจัยเป็นสารแอนติเมตาโบไลต์ ซึ่งรบกวนการเผาผลาญเพอรีน และได้รับการศึกษาในคุณสมบัติต้านไวรัสและยับยั้งการเพิ่มจำนวนเซลล์ มันแสดงกิจกรรมต่อไวรัส RNA บางชนิดโดยการยับยั้งการสังเคราะห์ RNA ของไวรัส นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารคัดเลือกในระบบเพาะเลี้ยงเซลล์ โดยเฉพาะในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับเซลล์ที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรมซึ่งแสดงออกเอนไซม์ในเส้นทางกู้คืนเพอรีน เนื่องจากความเป็นพิษต่อเซลล์ที่กำลังแบ่งตัว จึงได้รับการสำรวจในงานวิจัยมะเร็งเพื่อประเมินความไวต่อเคมีบำบัดในแบบจำลองเนื้องอก บทบาทของมันยังคงเป็นการทดลองเป็นหลัก โดยมีการใช้ทางคลินิกจำกัด