อะโมเดียควินเป็นยาต้านมาลาเรียหลักที่ใช้ในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรียที่เกิดจาก Plasmodium falciparum และชนิด Plasmodium อื่นๆ โดยมักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่น เช่น อาร์ทีซูเนต เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงต่อการดื้อยา การรักษาแบบผสมนี้ได้รับการแนะนำอย่างกว้างขวางในพื้นที่ที่มีการระบาดของมาลาเรีย โดยเฉพาะในแอฟริกา นอกจากนี้ อะโมเดียควินยังใช้ในพื้นที่ที่คลอโรควินดื้อยา เนื่องจากเป็นทางเลือกในการรักษาอีกทางหนึ่ง การนำไปใช้ยังมีการศึกษาวิจัยสำหรับคุณสมบัติต้านไวรัสและต้านการอักเสบ แม้ว่าจะยังไม่เป็นที่นิยมในวงกว้าง การใช้ยาต้องมีขนาดยาที่เหมาะสมและปฏิบัติตามระเบียบการรักษาเพื่อลดผลข้างเคียงและให้การจัดการมาลาเรียมีประสิทธิภาพ