ทาฟีโนควินถูกใช้ในการป้องกันและรักษาโรคมาลาเรียชนิดที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium vivax ซึ่งเป็นหนึ่งในสาเหตุหลักของโรคมาลาเรียทั่วโลก โดยเฉพาะในพื้นที่ที่มีการแพร่กระจายของเชื้อชนิดนี้ ยานี้มีประสิทธิภาพในการกำจัดเชื้อในระยะฮิปโนโซอิตในตับ ซึ่งช่วยป้องกันการกลับเป็นซ้ำของโรคได้ นอกจากนี้ ทาฟีโนควินยังใช้เป็นยาป้องกันมาลาเรียสำหรับผู้ที่เดินทางไปยังพื้นที่เสี่ยง โดยเฉพาะในกรณีที่เชื้อดื้อยาชนิดอื่นๆ มักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่น เช่น คลอโรควิน การใช้ทาฟีโนควินมักอยู่ในรูปแบบของยาเม็ดรับประทาน และต้องอยู่ภายใต้คำแนะนำของแพทย์อย่างเคร่งครัด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงรุนแรงในบางบุคคล เช่น ผู้ที่มีภาวะพร่องเอนไซม์ G6PD ซึ่งอาจนำไปสู่ภาวะโลหิตจางจากการแตกของเม็ดเลือดแดง