ไพเพอร์ควิน ฟอสเฟตถูกใช้เป็นยาต้านมาลาเรียที่มีประสิทธิภาพสูง โดยเฉพาะในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรียที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium falciparum ซึ่งดื้อต่อคลอโรควิน มักใช้ร่วมกับยาอื่นๆ เช่น ไดไฮโดรอาร์ทีมิซินิน (Dihydroartemisinin) ในรูปแบบยาสูตรผสม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษาและลดโอกาสการดื้อยา นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการใช้ไพเพอร์ควิน ฟอสเฟตในการป้องกันมาลาเรียในกลุ่มประชากรที่มีความเสี่ยงสูง เช่น ผู้ที่เดินทางไปยังพื้นที่ที่มีการระบาดของโรค ยานี้มีบทบาทสำคัญในกลยุทธ์การควบคุมและกำจัดมาลาเรียทั่วโลก