Nifurtimox ใช้ในการรักษาโรค Chagas ซึ่งเกิดจากปรสิต Trypanosoma cruzi โดยยานี้สร้างอนุมูลอิสระออกซิเจนที่เป็นพิษเพื่อฆ่าปรสิต ลดปริมาณปรสิตในร่างกายอย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับการใช้ Nifurtimox ร่วมกับยาอื่นในการรักษา African trypanosomiasis หรือโรคหลับ และโรคมะเร็งบางชนิด โดยเฉพาะในเด็กที่เป็นโรค neuroblastoma ซึ่งแสดงผลลัพธ์ที่น่าพอใจในการทดลองทางคลินิก อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างเคร่งครัด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรง เช่น อาการทางเดินอาหารและอาการทางระบบประสาท