เฟซินิดาโซลถูกใช้เป็นยารักษาโรคทริพาโนโซมิเอซิสชนิดที่เกิดจากเชื้อ Trypanosoma brucei gambiense ซึ่งเป็นสาเหตุของโรค sleeping sickness หรือโรคเหงาหลับในมนุษย์ ยานี้มีประสิทธิภาพในการฆ่าเชื้อปรสิตที่ทำให้เกิดโรคทั้งในระยะเริ่มต้นและระยะลุกลาม นอกจากนี้ยังมีการศึกษาที่แสดงให้เห็นว่าเฟซินิดาโซลสามารถใช้ในการรักษาโรค Chagas disease ที่เกิดจากเชื้อ Trypanosoma cruzi ได้อีกด้วย การใช้เฟซินิดาโซลช่วยลดระยะเวลาการรักษาและเพิ่มความสะดวกในการบริหารยาเมื่อเทียบกับวิธีการรักษาแบบเดิม