ฟลอร์เฟนิคอลถูกใช้อย่างแพร่หลายในยาสัตวแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในปศุสัตว์ สัตว์ปีก และเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ มันมีประสิทธิภาพโดยเฉพาะอย่างยิ่งต่อการติดเชื้อทางเดินหายใจและการติดเชื้อระบบทั่วไปที่เกิดจากสิ่งมีชีวิตที่ไวต่อยา เช่น สกุล Pasteurella, Actinobacillus, และ Streptococcus ในวัว มักใช้เพื่อต่อสู้กับโรคทางเดินหายใจในวัว (BRD) และโรคเท้าชา (foot rot) ในหมู ใช้รักษาโรคทางเดินหายใจในหมู (SRD) และการติดเชื้อแบคทีเรียอื่นๆ ในเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ ฟลอร์เฟนิคอลถูกนำมาใช้เพื่อควบคุมโรคเช่น ฟูรูนคูโลซิสในปลาแซลมอนและการติดเชื้อแบคทีเรียอื่นๆ ในปลา กิจกรรมสเปกตรัมกว้างของมันและประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการจัดการสุขภาพสัตว์และรับประกันความปลอดภัยของอาหาร การใช้ขนาดยาที่เหมาะสมและการยึดมั่นในระยะเวลาถอนยาเป็นสิ่งสำคัญเพื่อลดความเสี่ยงของการดื้อยาปฏิชีวนะและให้สอดคล้องกับมาตรฐานกฎระเบียบ