ดีไฮโดรอาร์ทีมิซินิใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาต้านมาลาเรีย โดยเฉพาะในรูปแบบของยาผสมที่มีประสิทธิภาพสูง เช่น ยาที่รวมดีไฮโดรอาร์ทีมิซินกับพิเพอราควิน หรือยาอื่น ๆ ที่ใช้ร่วมกันเพื่อลดการดื้อยา สารนี้มีฤทธิ์ฆ่าเชื้อปรสิต Plasmodium spp. ได้อย่างรวดเร็ว โดยออกฤทธิ์ต่อระยะที่เชื้ออยู่ในเม็ดเลือดแดง ทำให้อาการไข้ลดลงอย่างชัดเจนในระยะแรกของการรักษา นอกจากนี้ ดีไฮโดรอาร์ทีมิซินยังอยู่ในกลุ่มสารอาร์ทีมิซินินที่มีการศึกษาว่าอาจมีฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านไวรัส และต้านเซลล์มะเร็งในระดับห้องปฏิบัติการ แต่ยังอยู่ในขั้นวิจัยและยังไม่ได้รับการยืนยันในการใช้ทางคลินิกอย่างกว้างขวาง การใช้ดีไฮโดรอาร์ทีมิซินจึงเน้นหลักในงานสาธารณสุขเพื่อควบคุมและรักษามาลาเรีย โดยเฉพาะในพื้นที่ที่เชื้อดื้อต่อยาชนิดอื่น ๆ