ไฮโดรคิวพรีนถูกใช้เป็นสารต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อโรคในทางการแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาโรคติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรียบางชนิด นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเกี่ยวกับการใช้ไฮโดรคิวพรีนในด้านเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาต้านมาลาเรีย เนื่องจากมีคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของปรสิตที่ก่อให้เกิดโรคมาลาเรีย อย่างไรก็ตาม การใช้งานไฮโดรคิวพรีนต้องอยู่ภายใต้การควบคุมของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงต่อร่างกายได้