อะโมเดียควิน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการรักษาและป้องกันโรคมาลาเรีย โดยเฉพาะที่เกิดจากเชื้อ Plasmodium falciparum และเชื้อ Plasmodium พันธุ์อื่นๆ มักใช้ร่วมกับยาต้านมาลาเรียอื่นๆ เช่น อาร์ทีซูเนต เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและลดความเสี่ยงของการดื้อยา สารประกอบนี้ทำงานโดยรบกวนความสามารถของปรสิตในการกำจัดสารเฮม (heme) ทำให้สารนี้สะสมและนำไปสู่การตายของปรสิต มีคุณค่าอย่างยิ่งในพื้นที่ที่โรคมาลาเรียระบาดและมีการดื้อยา เช่น คลอโรควิน นอกจากนี้ยังใช้ในโครงการแจกยาเป็นกลุ่มเพื่อควบคุมการระบาดของมาลาเรียในชุมชนที่ได้รับผลกระทบ เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงรุนแรง เช่น ตับอักเสบ (hepatotoxicity) และภาวะเม็ดเลือดขาวลดลง (agranulocytosis) จึงต้องมีการติดตามอย่างใกล้ชิดและสงวนไว้สำหรับกรณีที่ประโยชน์มากกว่าความเสี่ยง ควรใช้ภายใต้คำแนะนำของแพทย์