Daptomycin ใช้หลัก ๆ เป็นยาปฏิชีวนะในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียรุนแรง โดยเฉพาะที่เกิดจากจุลินทรีย์แกรมบวก มีประสิทธิภาพต่อการติดเชื้อ เช่น การติดเชื้อผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อนที่ซับซ้อน การติดเชื้อในกระแสเลือด และการติดเชื้อเยื่อบุหัวใจที่เกิดจาก Staphylococcus aureus รวมถึงสายพันธุ์ที่ดื้อยา methicillin (MRSA) Daptomycin ทำงานโดยการรบกวนเยื่อหุ้มเซลล์แบคทีเรีย ทำให้เซลล์ตายอย่างรวดเร็ว มักสงวนไว้สำหรับกรณีที่ยาปฏิชีวนะอื่นล้มเหลวหรือไม่เหมาะสมเนื่องจากความต้านทานหรืออาการแพ้ของผู้ป่วย การใช้มักให้ทางหลอดเลือดดำในสถานพยาบาลภายใต้การดูแลทางการแพทย์อย่างใกล้ชิดเพื่อติดตามผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้น เช่น พิษต่อกล้ามเนื้อหรือปัญหาไต