คลีนาฟลอกซาซินถูกใช้เป็นยาปฏิชีวนะที่มีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียที่รุนแรงและยากต่อการรักษา มักถูกนำมาใช้ในกรณีที่เชื้อแบคทีเรียดื้อยาชนิดอื่น ๆ แล้ว โดยเฉพาะการติดเชื้อในโรงพยาบาล เช่น การติดเชื้อในกระแสเลือด ปอดบวมที่เกี่ยวข้องกับการใช้เครื่องช่วยหายใจ และการติดเชื้อในช่องท้อง นอกจากนี้ยังสามารถใช้รักษาการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะที่ซับซ้อนและผิวหนังที่ติดเชื้อรุนแรงได้อีกด้วย อย่างไรก็ตาม การใช้คลีนาฟลอกซาซินต้องอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิด เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงที่รุนแรงได้