ใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด รวมถึงสิว กระเพาะปัสสาวะอักเสบ การติดเชื้อทางเดินหายใจ และการติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์บางชนิด เช่น คลามีเดีย มีประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบ และมักสั่งใช้เมื่อยาปฏิชีวนะอื่นไม่เหมาะสม มิโนไซคลินสามารถผ่านกำแพงเลือดสมอง ทำให้ใช้รักษาการติดเชื้อในระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ไอร่สมองอักเสบได้ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาคุณสมบัติต้านการอักเสบและป้องกันเซลล์ประสาท แสดงศักยภาพในโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ และโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท เช่น พาร์กินสันและอัลไซเมอร์ ในจักษุวิทยา ใช้จัดการโรสาเซียตาและภาวะอักเสบตาอื่นๆ นอกจากนี้ ยังใช้ off-label เพื่อลดความดันในกะโหลกศีรษะใน pseudotumor cerebri บางครั้งใช้รักษาโรคซิฟิลิสและโรคลูปัสบางชนิดที่มีการติดเชื้อร่วม