อินโดเมทาซินถูกใช้เป็นยาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAID) ที่มีประสิทธิภาพในการลดอาการปวด บวม และไข้ มักใช้รักษาโรคข้ออักเสบต่าง ๆ เช่น โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ โรคข้ออักเสบเกาต์ และโรคข้ออักเสบแบบอื่น ๆ นอกจากนี้ยังใช้บรรเทาอาการปวดจากภาวะอื่น ๆ เช่น ปวดหลัง ปวดกล้ามเนื้อ และปวดศีรษะไมเกรน ในบางกรณีอาจใช้เพื่อช่วยปิดท่อหลอดเลือดแดงในทารกแรกเกิดที่มีภาวะ patent ductus arteriosus (PDA) อย่างไรก็ตาม การใช้ยานี้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์เนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงต่อระบบทางเดินอาหารและไต