เมทิลอีเทนซัลโฟเนตถูกใช้เป็นสารเคมีในการวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในกระบวนการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรม (mutagenesis) เพื่อสร้างการกลายพันธุ์ใน DNA ของสิ่งมีชีวิต เช่น แบคทีเรีย ยีสต์ และพืช ซึ่งช่วยให้นักวิทยาศาสตร์สามารถศึกษาฟังก์ชันของยีนและกลไกทางพันธุกรรมได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการปรับปรุงพันธุ์พืชเพื่อเพิ่มความต้านทานต่อโรคหรือสภาพแวดล้อมที่ไม่เอื้ออำนวย อย่างไรก็ตาม เนื่องจากเป็นสารก่อกลายพันธุ์ที่มีความแรงสูง จึงต้องใช้ด้วยความระมัดระวังและปฏิบัติตามมาตรการความปลอดภัยอย่างเคร่งครัด