เมทาซัยคลิน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการรักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียต่างๆ โดยมีประสิทธิภาพต่อจุลินทรีย์หลากหลาย รวมถึงที่ทำให้เกิดการติดเชื้อทางเดินหายใจ การติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อน และโรคติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์บางชนิด

ในสัตวแพทย์ ใช้รักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ โดยเฉพาะในปศุสัตว์และสัตว์เลี้ยง กิจกรรมสเปกตรัมกว้างทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการจัดการการติดเชื้อจากแบคทีเรียที่ไวต่อยา

นอกจากนี้ เมทาซัยคลิน ไฮโดรคลอไรด์ ยังใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกการดื้อยาของแบคทีเรียและประสิทธิภาพของยาปฏิชีวนะกลุ่มเตตราไซคลิน บทบาทในการยับยั้งการสังเคราะห์โปรตีนในแบคทีเรียให้ข้อมูลเชิงลึกในการพัฒนายาต้านจุลินทรีย์ใหม่

โดยรวม การประยุกต์ใช้ครอบคลุมทั้งการแพทย์มนุษย์และสัตวแพทย์ มีส่วนสำคัญในการจัดการและควบคุมการติดเชื้อแบคทีเรีย นอกจากนี้ยังใช้ในการรักษาโรคติดเชื้อในระบบทางเดินอาหาร และโรคติดเชื้อที่เกิดจากแบคทีเรียที่ดื้อยาปฏิชีวนะบางชนิด มักใช้ในรูปแบบยาเม็ดหรือยาน้ำสำหรับรับประทาน และควรใช้ภายใต้คำแนะนำของแพทย์เพื่อป้องกันผลข้างเคียงและประสิทธิภาพในการรักษาที่เหมาะสม