ไซโปรฟลอกซาซินถูกใช้อย่างกว้างขวางในฐานะยาปฏิชีวนะในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียชนิดต่างๆ มันมีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ เช่น โรคปอดอักเสบ และหลอดลมอักเสบ โดยมุ่งเป้าไปที่แบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของการติดเชื้อ นอกจากนี้ยังมักถูกสั่งจ่ายสำหรับการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ รวมถึงกระเพาะปัสสาวะอักเสบและไตอักเสบจากเชื้อแบคทีเรีย ซึ่งช่วยขจัดแบคทีเรียออกจากระบบทางเดินปัสสาวะ

นอกจากนี้ ไซโปรฟลอกซาซินยังใช้ในการรักษาการติดเชื้อที่ผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อน เช่น เซลลูไลติสและการติดเชื้อแผล โดยหยุดการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในบริเวณที่ได้รับผลกระทบ มันยังมีประสิทธิภาพในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหารที่เกิดจากแบคทีเรียเช่น E. coli หรือ Salmonella ช่วยลดอาการเช่น ท้องเสียและปวดท้อง

ไซโปรฟลอกซาซินมักใช้ในกรณีการติดเชื้อในกระดูกและข้อ เช่น กระดูกอักเสบ ซึ่งสามารถซึมผ่านเนื้อเยื่อกระดูกเพื่อต่อสู้กับการติดเชื้อ มันยังเป็นการรักษาหลักสำหรับการติดเชื้อทางเพศสัมพันธ์บางชนิด เช่น หนองในแท้ เนื่องจากความสามารถในการกำหนดเป้าหมายและกำจัดแบคทีเรียอย่างรวดเร็ว

ในบางกรณี ไซโปรฟลอกซาซินถูกใช้เป็นมาตรการป้องกันสำหรับบุคคลที่สัมผัสกับแอนแทรกซ์หรือกาฬโรค เนื่องจากสามารถหยุดการแพร่กระจายของแบคทีเรียในร่างกาย นอกจากนี้ยังใช้ในการป้องกันหรือรักษาการติดเชื้อในผู้ป่วยที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอ หรือผู้ที่กำลังรับการรักษาด้วยเคมีบำบัด กิจกรรมสเปกตรัมกว้างของมันต่อแบคทีเรียแกรมลบและแกรมบวกทำให้เป็นตัวเลือกที่หลากหลายสำหรับการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียทั้งทั่วไปและรุนแรง