ยาไนโตรฟิวรานทอยน์ใช้เป็นยาปฏิชีวนะในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ โดยเฉพาะการติดเชื้อแบคทีเรียที่เกิดจากเชื้อไวต่อฤทธิ์ของยา เช่น E. coli และ Enterococcus spp. ยาตัวนี้มีกลไกการทำงานโดยทำลายดีเอ็นเอของแบคทีเรีย ซึ่งช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตและทำให้แบคทีเรียตาย มักใช้รักษาการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะแบบไม่รุนแรงถึงปานกลาง โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีอาการไม่ซับซ้อน เช่น ผู้หญิงวัยเจริญพันธุ์ที่มีการติดเชื้อซ้ำๆ ไนโตรฟิวรานทอยน์มีข้อดีคือ แบคทีเรียดื้อยากับตัวยานี้ค่อนข้างช้าเมื่อเทียบกับยาปฏิชีวนะชนิดอื่น อย่างไรก็ตาม ยาตัวนี้ไม่แนะนำสำหรับการติดเชื้อที่รุนแรงหรือการติดเชื้อในกระแสเลือด เนื่องจากดูดซึมได้ไม่ดีในกระแสเลือด แต่จะขับออกทางปัสสาวะในรูปที่มีฤทธิ์สูง จึงเหมาะสำหรับการรักษาการติดเชื้อในกระเพาะปัสสาวะ ในบางกรณี อาจใช้ยานี้เพื่อป้องกันการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะซ้ำในผู้ป่วยบางราย โดยเฉพาะผู้ที่มีประวัติการติดเชื้อบ่อยๆ แต่ต้องใช้ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเนื่องจากอาจเกิดผลข้างเคียง เช่น คลื่นไส้ คลื่นเหียน หรือภาวะปอดอักเสบเรื้อรังหากใช้ในระยะยาว